พิพิธภัณฑ์เกษตรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้จัดตั้งพิพิธภัณฑ์การเกษตรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เนื่องในมหามงคลสมัยที่ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงครองสิริราชสมบัติครบรอบ 50 ปี ในปีพุทธศักราช 2539 โดยสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์การก่อสร้างอาคารพิพิธภัณฑ์ เมื่อวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ.2539 และพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธานในพิธีเปิดเมื่อวันที่ 21 มกราคม พ.ศ.2545 ต่อมากระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ดำเนินการจัดตั้งสำนักงานพิพิธภัณฑ์เกษตรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว (องค์การมหาชน) เพื่อดำเนินการบริหารงานตามพระราชกฤษฎีกา จัดตั้งสำนักงานพิพิธภัณฑ์เกษตรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว (องค์การมหาชน) พ.ศ. 2552 โดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 23 มิถุนายน 2552